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El concepto de especie morfológica tiene varias limitaciones, una de las cuales es que no se puede aplicar a los organismos que se reproducen asexualmente. Esto se debe a que los organismos asexuales no tienen dos sexos distintos y, por lo tanto, no tienen las mismas barreras reproductivas que separan las especies sexuales. Como resultado, puede ser difícil determinar qué constituye una especie en los organismos asexuales, y el concepto de especie morfológica no siempre es una herramienta útil en este contexto.