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El diagnóstico diferencial de *Salmonella enterica* serovar Typhi (Salmonella Typhi) incluye lo siguiente:
- Otras salmonelosis (p. ej., *S. Paratyphi A, B o C*; *S. Enteritidis*)
- Shigelosis (causada por especies de *Shigella*)
- Campilobacteriosis (causada por especies *Campylobacter*)
- Yersiniosis (causada por la especie *Yersinia*)
- Infección por Escherichia coli (E. coli)
- Otras gastroenteritis bacterianas (p. ej., *Vibrio cholerae*, *Clostridium difficile*, *Plesiomonas shigelloides*)
- Gastroenteritis viral (p. ej., rotavirus, norovirus, adenovirus)
- Amebiasis (causada por *Entamoeba histolytica*)
- Giardiasis (causada por especies de *Giardia*)
- Criptosporidiosis (causada por especies de *Cryptosporidium*)
- Ciclosporiasis (causada por especies de *Cyclospora*)
- Isosporiasis (causada por especies *Isospora*)
- Microsporidiosis (causada por especies de *Microsporidia*)
- Triquinelosis (causada por especies *Trichinella*)
- Malaria (causada por especies de *Plasmodium*)
- Fiebre del dengue (causada por el virus del dengue)
- Leptospirosis (causada por especies de *Leptospira*)
- Infecciones por rickettsias (p. ej., tifus, fiebre maculosa de las Montañas Rocosas)