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Los guppies respiran a través de sus branquias, que se encuentran en ambos lados de su cabeza. Las branquias son órganos especializados que extraen oxígeno del agua. Cuando los guppies respiran, toman agua a través de la boca y la pasan sobre sus branquias. El oxígeno en el agua es absorbido por las branquias y transportado por todo el cuerpo de Guppy. El Guppy luego expulsa el agua a través de sus ranuras branquias. Los Guppies también tienen un órgano laberinto, que es un órgano especializado que les permite respirar aire. El órgano de laberinto se encuentra sobre las branquias y consiste en una serie de cámaras bordeadas de tejido delgado y cambiante de gas. Cuando los guppies llegan a la superficie del agua, toman aire a través de la boca y lo almacenan en el órgano laberinto. El oxígeno en el aire es absorbido por el órgano del laberinto y transportado por todo el cuerpo de Guppy. Los guppies usan su órgano de laberinto para respirar aire cuando el agua en la que se encuentran es bajo en oxígeno, como en estanques o charcos estancados.