Pájaros
El Pantanal es hogar de una diversa variedad de aves, entre ellas:
* Guacamayo jacinto
* guacamaya roja
* Garceta grande
* cigüeña jabirú
* Espátula rosada
* Guacamaya de alas verdes
* tucán toco
* Pollo de agua brasileño
* Peine de pato
Mamíferos
En el Pantanal se pueden encontrar muchos mamíferos diferentes, como:
* armadillo gigante
* lobo de crin
* pecarí chacoano
* Venado de la pampa
*Jaguar
* Ocelote
* gato tigre del norte
* Ciervo de los pantanos
* Carpincho
Reptiles y Anfibios
Una variedad de reptiles y anfibios también habitan el Pantanal, entre ellos:
* Anaconda verde
* Caimán negro
* Caimán yacaré
* Caimán de anteojos
* tortuga gigante brasileña
* Tortuga de patas rojas
* Tortuga mordedora común
* Rana venenosa dorada
* Rana arborícola de ojos rojos
Pescado
El Pantanal alberga más de 260 especies de peces, entre ellos:
* Piraña de vientre rojo
* Piraña negra
* Payara
* Arapaima
* Tambaquí
*Pacú
* Bagre
*caracinos
* cíclidos