Pérdida de hábitat: El hábitat del conejo de Lower Keys se está perdiendo rápidamente debido a actividades humanas como el desarrollo urbano, la agricultura y el turismo. Esta pérdida de hábitat fragmenta la población de conejos, haciéndola más vulnerable a la depredación y las enfermedades.
Caza: El conejo de Lower Keys alguna vez fue cazado para obtener alimento y piel, y aunque ahora está oficialmente protegido, todavía se caza ilegalmente.
Enfermedad: El conejo de Lower Keys es susceptible a una variedad de enfermedades, incluida la tularemia, que es una enfermedad bacteriana que puede ser fatal para los conejos. La tularemia se transmite por garrapatas y el hábitat del conejo de Lower Keys es el hogar de muchas garrapatas.
Depredación: El conejo de Lower Keys es presa de una variedad de animales, incluidas serpientes, búhos y halcones. La introducción de depredadores no nativos, como los gatos, también ha contribuido a la disminución del conejo de Lower Keys.
Cambio climático: El cambio climático también es una gran amenaza para el conejo de los Cayos Inferiores. El aumento del nivel del mar está inundando el hábitat del conejo y fenómenos climáticos más extremos, como los huracanes, están destruyendo su alimento y refugio.