Los hipopótamos pigmeos son animales muy sociables y viven en pequeños grupos familiares de dos a cinco individuos, pero a veces hasta ocho o más. Los machos adultos no son territoriales, pero sí establecen una jerarquía de dominancia. Los machos utilizan sus colmillos y dientes caninos para luchar por el dominio y defenderse a sí mismos y a sus grupos familiares. Los hipopótamos pigmeos son en su mayoría nocturnos y pasan sus días en el agua o en madrigueras excavadas bajo las orillas de los ríos. Salen por la noche para alimentarse y pastar. Los hipopótamos pigmeos son herbívoros y su dieta se compone principalmente de pastos, hojas, frutos y cortezas.