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Las principales especies de ballenas atacadas por balleneros japoneses son:
- Ballenas Minke (Balaenoptera acutorostrata)
- ballenas Sei (Balaenoptera boreal)
- Ballenas de Bryde (Balaenoptera Brydei)
- Ballenas de aleta (Balaenoptera Physalus)
Las especies menos comúnmente cazadas incluyen:
- Ballenas derechas del Pacífico Norte (Eubalaena japonica)
- ballenas de esperma (macrocefalia de Physeter)