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La reproducción selectiva no garantiza que todas las descendientes serán de calidad superior. Si bien la reproducción selectiva puede aumentar la probabilidad de obtener descendencia con los rasgos deseados, no elimina la influencia de la variación genética y otros factores que pueden afectar el fenotipo de un individuo. Algunos descendientes pueden heredar rasgos menos deseables o pueden estar influenciados por factores ambientales que limitan su expresión de las características deseadas. Además, la reproducción selectiva está limitada por la diversidad genética disponible dentro de la población que se cría.