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Las águilas calvas, como todos los demás organismos vivos, sufren el proceso de excreción de la vida para evitar la acumulación de desechos metabólicos en sus cuerpos. La excreción es el proceso biológico por el cual los productos de desecho metabólico se eliminan del cuerpo.
En las águilas calvas, los principales órganos excretorios son los riñones. Los riñones juegan un papel vital en el filtrado de sustancias residuales, como la urea y la creatinina, del torrente sanguíneo. Estos productos de desecho se transportan a la Cloaca, que es una cámara común para los sistemas digestivos, urinarios y reproductivos. De la cloaca, los productos de desecho se eliminan del cuerpo en forma de orina.
Además de los riñones, el hígado también juega un papel importante en la desintoxicación y eliminación de desechos metabólicos en las águilas calvas. El hígado convierte sustancias tóxicas en formas menos dañinas, que luego se pueden excretar de manera más eficiente. El hígado también juega un papel en la producción de bilis, lo que ayuda a digerir las grasas y eliminar los productos de desecho a través de las heces.