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Pérdida y fragmentación del hábitat: Al igual que con muchas especies en peligro de extinción, la amenaza principal para los ciervos filipinos es la pérdida de su hábitat natural. Los bosques se están despejando cada vez más para la tala, la agricultura y otros proyectos de desarrollo. Esto destruye la comida y el refugio de los ciervos, y lo hace más vulnerable a la caza.
caza y caza furtiva: El ciervo filipino es cazado por su carne, piel y astas. La caza de ciervos es un pasatiempo popular en Filipinas, y la aplicación de las regulaciones de caza es débil. La caza furtiva también es un problema importante, ya que los ciervos a menudo son asesinados para la venta en los mercados locales.
Enfermedad: El ciervo filipino también es susceptible a una variedad de enfermedades, tanto introducidas como endémicas. Una de las amenazas más graves es la enfermedad de los pies y la boca, que puede causar enfermedades graves e incluso la muerte en los ciervos.
Competencia con otras especies: El ciervo filipino también enfrenta la competencia por alimentos y recursos de otras especies, incluidas especies de ciervos introducidas como el ciervo Rusa y el ciervo Sika. Estas especies introducidas pueden superar los ciervos filipinos para alimentos y hábitat, y también pueden transmitir enfermedades.
El ciervo filipino es una especie en peligro de extinción, y su población está disminuyendo rápidamente. A menos que se tomen medidas de conservación efectivas, es probable que se extinga en la naturaleza.