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La causa principal de la reducción de la variación genética en especies en peligro de extinción que ahora sólo se encuentran en los zoológicos es el fenómeno conocido como efecto fundador. El efecto fundador ocurre cuando un pequeño grupo de individuos se aísla de una población más grande y establece una nueva población. Es posible que este pequeño grupo no represente la diversidad genética completa de la población original, lo que lleva a una pérdida de variación genética en la nueva población.
Las especies en peligro de extinción que ahora sólo se encuentran en zoológicos a menudo provienen de poblaciones pequeñas y aisladas que se han reducido a números críticamente bajos debido a diversos factores como la pérdida de hábitat, la caza y la sobreexplotación. Cuando estas especies se introducen en zoológicos con fines de conservación y reproducción, es posible que solo contengan una fracción de la diversidad genética que existía en la población silvestre.
A medida que estas especies se reproducen en cautiverio, la variación genética limitada se concentra aún más, lo que resulta en una pérdida de alelos y una reducción de la diversidad genética. Con el tiempo, esto puede tener efectos perjudiciales sobre la capacidad de las especies para adaptarse a las condiciones ambientales cambiantes y una mayor susceptibilidad a las enfermedades, haciéndolas más vulnerables a la extinción.
Para mitigar los efectos del efecto fundador y preservar la diversidad genética, los programas de conservación en los zoológicos suelen implementar estrategias como la reproducción selectiva, el manejo de poblaciones y el rescate genético. Estas medidas tienen como objetivo introducir nuevo material genético en poblaciones cautivas, mantener la diversidad genética y reducir el riesgo de depresión endogámica y otros problemas genéticos que pueden surgir de una baja variación genética.