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El nombre científico del ornitorrinco es Ornithorhynchus anatinus. El nombre del género, Ornithorhynchus, se deriva de las palabras griegas ὀρνις (ornis), que significa "pájaro", y ῥύγχος (rhynchos), que significa "pico", en referencia al pico único parecido al de un pato del ornitorrinco. El nombre de la especie, anatinus, se deriva de la palabra latina anas, que significa "pato", refiriéndose nuevamente al parecido del ornitorrinco con un pato.
Por lo tanto, el ornitorrinco se clasifica como miembro de la familia Ornithorhynchidae según su nombre científico. La familia Ornithorhynchidae también se considera la única familia existente en el orden de los mamíferos Monotremata, lo que convierte al ornitorrinco en monotrema junto con el equidna de pico largo (Zaglossus) y el equidna de pico corto (Tachyglossus).