Muchas especies de animales ayudan a hacer crecer los cultivos controlando diferentes organismos en el agroecosistema. Por ejemplo, los escarabajos depredadores, como mariquitas y escarabajos molidos, se alimentan de pulgones, moscas blancas y otros pequeños insectos que pueden dañar los cultivos. Además, las arañas, las avispas parásitas y las aves se aprovechan de las plagas de insectos que se alimentan de cultivos. Por último, ciertas lombrices de tierra, insectos, mamíferos pequeños y animales más grandes (como elefantes y hipopotámicos) contribuyen a la hasta la ala y la aireación del suelo, lo que ayuda a los cultivos.
Además, hay una serie de especies que pueden dañar los cultivos en ciertos momentos, al tiempo que benefician el mismo cultivo en otras épocas del año. Por ejemplo, las mariquitas se alimentan principalmente de insectos, pero se sabe que también comen polen y fruta de las plantas. Las abejas son esenciales para polinizar muchas plantas, pero al mismo tiempo, también pueden propagar plagas y enfermedades de planta en planta. Del mismo modo, muchas especies de aves se alimentarán de insectos que dañan los cultivos, pero también pueden extender semillas de malezas indeseables que compiten con los cultivos.